Послать статью по эл. почте 
Видовая идентификация и анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости стрептококков с помощью количественной мультиплексной полимеразной цепной реакции у пациентов с хронической обструктивной болезнью легких
https://doi.org/10.18093/0869-0189-2014-0-6-40-48
Аннотация
На лабораторной коллекции клинических штаммов стрептококков апробирована и использована для тестирования клинических образцов ДНК, изолированных из орофарингеальных мазков от пациентов со стабильной хронической обструктивной болезнью легких, экспериментальная диагностическая панель "Стрептопол+" (ООО НПФ "Литех"). В исследование включены пациенты (n = 89) с анамнезом заболевания ≥ 12 мес., индексом курения ≥ 10 пачко-лет, отсутствием обострений на протяжении предшествующих 4 нед. и терапии антибактериальными препаратами в течение 12 нед. до взятия клинического материала. При использовании экспериментального набора "Стрептопол+" обнаружены генетические маркеры лекарственной устойчивости и проведена видовая идентификация стрептококков по принципу мультиплексной полимеразной цепной реакции в реальном времени. Достоверно стрептококки определялись в 83 (93,3 %) образцах, в 1 образце стрептококков не обнаружено, 5 образцов были отнесены в "серую" зону, характерную для низких титров ДНК (преимущественно зеленящие стрептококки группы mitis). Выявлено, что все они являются резервуаром генетических детерминант резистентности к макролидам, что повышает риск микробиологической резистентности и терапевтической неэффективности препаратов данной группы. Присутствие генов mef было зафиксировано в 89 (100 %) образцах; ген ermB обнаружен в 81 (91,0 %) образце.
Об авторах
Л. Н. ИкрянниковаРоссия
к. х. н., старший научный сотрудник НИИ физико-химической медицины ФМБА России; тел.: (499) 246-45-70;
М. Е. Сенина
Россия
научный сотрудник OOO НПФ "Литех"; тел.: (495) 258-39-47
Е. С. Лисицина
Россия
научный сотрудник OOO НПФ "Литех"; тел.: (495) 258-39-47
Л. М. Огородова
Россия
д. м. н., профессор, член-корр. РАН, зав. кафедрой факультетской педиатрии с курсом детских болезней лечебного факультета ГБОУ ВПО "Сибирский государственный медицинский университет" Минздрава России, зам. министра науки и образования России; тел.: (3822) 51-49-67
С. В. Федосенко
Россия
к. м. н, докторант кафедры госпитальной терапии с курсом физической реабилитации и спортивной медицины ГБОУ ВПО "Сибирский государственный медицинский университет" Минздрава России; тел.: (3822) 51-49-67
М. А. Карнаушкина
Россия
к. м. н., ассистент кафедры пульмонологии ФПДО ГБОУ ВПО "МГМСУ им. А.И.Евдокимова" Минздрава России; тел.: (3822) 51-49-67
Е. Н. Ильина
Россия
д. б. н., заведующий лабораторией НИИ физико-химической медицины ФМБА России; тел.: (499) 245-04-71
Список литературы
1. Зубков М.Н., Гугуцидзе Е.Н. Микробиологические аспекты диагностики пневмоний. Пульмонология. 1997; 1: 41–45.
2. Cabrera-Rubio R., Garcia-Núñez M., Setó L. et al. Microbiome diversity in the bronchial tracts of patients with chronic obstructive pulmonary disease. J. Clin. Microbiol. 2012; 50: 3562–3568.
3. Garcha D.S.,Thurston S.J., Patel A.R. et al. Changes in prevalence and load of air way bacteria using quantitative PCR in stable and exacerbated COPD. Thorax. 2012; 67: 1075–1080.
4. Monso E., Rosell A., Bonet G. Risk factors for lower air way colonization in chronic bronchitis. Eur. Respir. J. 1999; 13: 338–342.
5. Sethi S., Murphy T.F. Infection in the pathogensis and course of chronic obstructive pulmonary disease. N. Engl. J. Med. 2008; 359: 2355–2365.
6. Sehti S., Evans N., Grant B.J.B., Murphy T.F.N. New strains of bacteria and exacerbations of chronic obstructive pulmonary disease. Engl. J. Med. 2002; 347: 465–471.
7. Facklam R. What happed to the streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes. Clin. Microbiol. Rev. 2002; 15: 613–630.
8. Facklam R., Pigott N. Description of phenotypic characteristics to aid in the identification of Streptococcus pneumonia. In: Totollan A., ed. Pathogenic streptococci: present and future. St. Petersburg: Lancer Publications; 1994.
9. Pikis A., Campos J.M., Rodriguez W.J., Keith J.M. Optochin resistance in Streptococcus pneumoniae: mechanism, significance and clinical implications. J. Infect. Dis. 2001; 184: 582–590.
10. Obregon V., Garcia P., Garcia E. et al. Molecular peculiarities of the lytA gene isolated from clinical pneumococcal strains that are bile insoluble. J. Clin. Microbiol. 2002; 40: 2545–2554.
11. Corless C.E., Guiver M., Borrow R. et al. Simultaneous detection of Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae in suspected cases of meningitis and septicemia using real-time PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 1553–1558.
12. McAvin J.C., Reilly P.A., Lohman K.L. Sensitive and specific method for rapid identification of Streptococcus pneumoniae using real-time fluorescence PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 3446–3451.
13. Чучалин А.Г., ред. Пульмонология. Национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2013.
14. Reinert R.R., Ringelstein A., van der Linden M. et al. Molecular epidemiology of macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae isolates in Europe. J. Clin. Microbiol. 2005; 43: 1294–1300.
15. Страчунский Л.С., Кречикова О.И., Решедько Г.К. и др. Чувствительность к антибиотикам пневмококков, выделенных от здоровых детей из организованных коллективов. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 1999; 1 (1): 31–39.
16. Farrell D.J., Morrissey I., Bakker S. et al. Molecular Epidemiology of multiresistant Streptococcus pneumoniae with both erm(B)and mef(A)-mediated macrolide resistance. J. Clin. Microbiol. 2004; 42: 764–768.
17. Ikryannikova L.N., Filimonova A.V., Malakhova M.V. et al. Discrimination between Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin. Microbiol. Infect. 2013; 11: 1066–1071.
18. Ikryannikova L.N., Lapin K.N., Malakhova M.V. et al. Misidentification of alpha-hemolytic streptococci by routine tests in clinical practice. Infect. Genet. Evol. 2011; 11: 1709–1715.
19. Preston J.A., Dockrell D.H. Virulence factors in pneumococcal respiratory pathogenesis. Future Microbiol. 2008; 2: 205–221.
20. Roberts A.P., Mullany P. A modular master on the move: the Tn916 family of mobile genetic elements. Trends Microbiol. 2009; 17: 251–258.
21. Del Grosso M., Camilli R., Iannelli F. et al. The mef(E)carrying genetic element (mega) of Streptococcus pneumoniae: Insertion sites and association with other genetic elements. Antimicrob. Agents Chemother. 2006; 50: 3361–3366.
Дополнительные файлы
Для цитирования: Икрянникова Л.Н., Сенина М.Е., Лисицина Е.С., Огородова Л.М., Федосенко С.В., Карнаушкина М.А., Ильина Е.Н. Видовая идентификация и анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости стрептококков с помощью количественной мультиплексной полимеразной цепной реакции у пациентов с хронической обструктивной болезнью легких. Пульмонология. 2014;(6):40-48. https://doi.org/10.18093/0869-0189-2014-0-6-40-48
For citation: Ikryannikova L.N., Senina M.E., Lisitsina E.S., Ogorodova L.M., Fedosenko S.V., Karnaushkina M.A., Il'ina E.N. Multiplex quantitative PCR for Streptococci species identification and detection of genetic drug resistance markers in COPD patients. Russian Pulmonology. 2014;(6):40-48. (In Russ.) https://doi.org/10.18093/0869-0189-2014-0-6-40-48
Обратные ссылки
- Обратные ссылки не определены.