Видовая идентификация и анализ генетических маркеров лекарственной устойчивости стрептококков с помощью количественной мультиплексной полимеразной цепной реакции у пациентов с хронической обструктивной болезнью легких

На лабораторной коллекции клинических штаммов стрептококков апробирована и использована для тестирования клинических образцов ДНК, изолированных из орофарингеальных мазков от пациентов со стабильной хронической обструктивной болезнью легких, экспериментальная диагностическая панель "Стрептопол+" (ООО НПФ "Литех"). В исследование включены пациенты (n = 89) с анамнезом заболевания ≥ 12 мес., индексом курения ≥ 10 пачко-лет, отсутствием обострений на протяжении предшествующих 4 нед. и терапии антибактериальными препаратами в течение 12 нед. до взятия клинического материала. При использовании экспериментального набора "Стрептопол+" обнаружены генетические маркеры лекарственной устойчивости и проведена видовая идентификация стрептококков по принципу мультиплексной полимеразной цепной реакции в реальном времени. Достоверно стрептококки определялись в 83 (93,3 %) образцах, в 1 образце стрептококков не обнаружено, 5 образцов были отнесены в "серую" зону, характерную для низких титров ДНК (преимущественно зеленящие стрептококки группы mitis). Выявлено, что все они являются резервуаром генетических детерминант резистентности к макролидам, что повышает риск микробиологической резистентности и терапевтической неэффективности препаратов данной группы. Присутствие генов mef было зафиксировано в 89 (100 %) образцах; ген ermB обнаружен в 81 (91,0 %) образце. 

1. Зубков М.Н., Гугуцидзе Е.Н. Микробиологические аспекты диагностики пневмоний. Пульмонология. 1997; 1: 41–45.

2. Cabrera-Rubio R., Garcia-Núñez M., Setó L. et al. Microbiome diversity in the bronchial tracts of patients with chronic obstructive pulmonary disease. J. Clin. Microbiol. 2012; 50: 3562–3568.

3. Garcha D.S.,Thurston S.J., Patel A.R. et al. Changes in prevalence and load of air way bacteria using quantitative PCR in stable and exacerbated COPD. Thorax. 2012; 67: 1075–1080.

4. Monso E., Rosell A., Bonet G. Risk factors for lower air way colonization in chronic bronchitis. Eur. Respir. J. 1999; 13: 338–342.

5. Sethi S., Murphy T.F. Infection in the pathogensis and course of chronic obstructive pulmonary disease. N. Engl. J. Med. 2008; 359: 2355–2365.

6. Sehti S., Evans N., Grant B.J.B., Murphy T.F.N. New strains of bacteria and exacerbations of chronic obstructive pulmonary disease. Engl. J. Med. 2002; 347: 465–471.

7. Facklam R. What happed to the streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes. Clin. Microbiol. Rev. 2002; 15: 613–630.

8. Facklam R., Pigott N. Description of phenotypic characteristics to aid in the identification of Streptococcus pneumonia. In: Totollan A., ed. Pathogenic streptococci: present and future. St. Petersburg: Lancer Publications; 1994.

9. Pikis A., Campos J.M., Rodriguez W.J., Keith J.M. Optochin resistance in Streptococcus pneumoniae: mechanism, significance and clinical implications. J. Infect. Dis. 2001; 184: 582–590.

10. Obregon V., Garcia P., Garcia E. et al. Molecular peculiarities of the lytA gene isolated from clinical pneumococcal strains that are bile insoluble. J. Clin. Microbiol. 2002; 40: 2545–2554.

11. Corless C.E., Guiver M., Borrow R. et al. Simultaneous detection of Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae in suspected cases of meningitis and septicemia using real-time PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 1553–1558.

12. McAvin J.C., Reilly P.A., Lohman K.L. Sensitive and specific method for rapid identification of Streptococcus pneumoniae using real-time fluorescence PCR. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 3446–3451.

13. Чучалин А.Г., ред. Пульмонология. Национальное руководство. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2013.

14. Reinert R.R., Ringelstein A., van der Linden M. et al. Molecular epidemiology of macrolide-resistant Streptococcus pneumoniae isolates in Europe. J. Clin. Microbiol. 2005; 43: 1294–1300.

15. Страчунский Л.С., Кречикова О.И., Решедько Г.К. и др. Чувствительность к антибиотикам пневмококков, выделенных от здоровых детей из организованных коллективов. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 1999; 1 (1): 31–39.

16. Farrell D.J., Morrissey I., Bakker S. et al. Molecular Epidemiology of multiresistant Streptococcus pneumoniae with both erm(B)and mef(A)-mediated macrolide resistance. J. Clin. Microbiol. 2004; 42: 764–768.

17. Ikryannikova L.N., Filimonova A.V., Malakhova M.V. et al. Discrimination between Streptococcus pneumoniae and Streptococcus mitis based on sorting of their MALDI mass spectra. Clin. Microbiol. Infect. 2013; 11: 1066–1071.

18. Ikryannikova L.N., Lapin K.N., Malakhova M.V. et al. Misidentification of alpha-hemolytic streptococci by routine tests in clinical practice. Infect. Genet. Evol. 2011; 11: 1709–1715.

19. Preston J.A., Dockrell D.H. Virulence factors in pneumococcal respiratory pathogenesis. Future Microbiol. 2008; 2: 205–221.

20. Roberts A.P., Mullany P. A modular master on the move: the Tn916 family of mobile genetic elements. Trends Microbiol. 2009; 17: 251–258.

21. Del Grosso M., Camilli R., Iannelli F. et al. The mef(E)carrying genetic element (mega) of Streptococcus pneumoniae: Insertion sites and association with other genetic elements. Antimicrob. Agents Chemother. 2006; 50: 3361–3366.