pulmoПульмонологияPULMONOLOGIYA0869-01892541-9617Scientific and Practical Journal “PULMONOLOGIYA” LLC10.18093/0869-0189-2013-0-4-77-81pulmo-256Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL STUDIESОпределение лекарственной устойчивости и генотипирование клинических штаммов Mycobacterium tuberculosis при помощи экспериментального набора "ТБ-ТЕСТ"Identification of drug resistance and genotyping of clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis using the TB-TESTБеспятыхЮ. А.BespyatykhYu. A.

м. н. с. лаборатории молекулярной генетики микроорганизмов 

119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а. Тел.: 8 (909) 961-18-46.

Juliabespyatykh@gmail.comШитиковЕ. А.ShitikovE. A.

науч. сотр. лаборатории молекулярной генетики микроорганизмов 

119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а. Тел.: 8 (916) 835-24-32.

Eshitikov@mail.ruЗименковД. В.ZimenkovD. V.

к. б. н., науч. сотр. лаборатории биологических микрочипов 

119991, Москва, ул. Вавилова, 32. Тел.: (499) 135-98-46.

z@biochip.ruКулагинаЕ. В.KulaginaE. V.

науч. сотр. лаборатории биологических микрочипов 

119991, Москва, ул. Вавилова, 32. Тел.: (499) 135-98-46.

elenka176@yandex.ruГрядуновД. А.GryadunovD. A.

к. б. н., ведущий научный сотрудник лаборатории биологических микрочипов 

119991, Москва, ул. Вавилова, 32. Тел.: (499) 135-98-46.

grad@biochip.ruНосоваЕ. Ю.NosovaE. Yu.

к. м. н., науч. сотр. 

107014, Москва, ул. Стромынка, 10. Тел.: (499) 268-01-31.

rna68@rambler.ruБукатинаА. А.BukatinaА. А.

науч. сотр. 

107014, Москва, ул. Стромынка, 10. Тел.: (499) 268-01-31.

nastec@bk.ruШульгинаМ. В.ShulginaM. V.

д. б. н., руководитель лаборатории этиологической диагностики

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., 2–4. Тел.: (812) 579-24-21.

mshulgina@spbniif.ruЖуравлевВ. Ю.ZhuravlevV. Yu.

к. м. н., в. н. с. лаборатории этиологической диагностики 

191036, Санкт-Петербург, Лиговский пр., 2–4. Тел.: (812) 579-24-21.

spbniif-all@mail.ruИльинаЕ. Н.IlyinaE. N.

д. б. н., зав. лабораторией молекулярной генетики микроорганизмов 

119435, Москва, ул. Малая Пироговская, 1а. Тел.: (499) 245-04-70.

ilinaen@gmail.comНИИ физико-химической медицины ФМБА РоссииRussian FederationФГБУН "Институт молекулярной биологии им. Энгельгардта" РАНRussian FederationМосковский городской научно-практический центр борьбы с туберкулезомRussian FederationНИИ фтизиопульмонологииRussian Federation201328082013047781Copyright © Беспятых Ю.А., Шитиков Е.А., Зименков Д.В., Кулагина Е.В., Грядунов Д.А., Носова Е.Ю., Букатина А.А., Шульгина М.В., Журавлев В.Ю., Ильина Е.Н., 20132013Беспятых Ю.А., Шитиков Е.А., Зименков Д.В., Кулагина Е.В., Грядунов Д.А., Носова Е.Ю., Букатина А.А., Шульгина М.В., Журавлев В.Ю., Ильина Е.Н.Bespyatykh Y.A., Shitikov E.A., Zimenkov D.V., Kulagina E.V., Gryadunov D.A., Nosova E.Y., Bukatina А.А., Shulgina M.V., Zhuravlev V.Y., Ilyina E.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.pulmonology.ru/pulm/article/view/256

Резюме. Проведен анализ лекарственной устойчивости 266 образцов геномной ДНК Mycobacterium tuberculosis с использованием экспериментального набора "ТБ-ТЕСТ". Этот метод основан на применении технологии олигонуклеотидных биочипов и позволяет определять наиболее распространенные в России генотипы патогена, а также мутации, ответственные за формирование резистентности к основным препаратам, применяемым для лечения туберкулеза, – рифампицину, изониазиду, этамбутолу, фторхинолонам, аминогликозидам и капреомицину. В результате были получены профили резистентности и определены генотипы для всех образцов. Тестируемый метод показал хорошую корреляцию результатов с данными классических микробиологических тестов. Разработанная система "ТБ-ТЕСТ" является приоритетной для использования в клинической лабораторной диагностике.

Summary. Drug resistance and genotype of Mycobacterium tuberculosis were analyzed in 266 DNA samples isolated from clinical material of patients with TB using an experimental test system TB-TEST. This method is bases on oligonucleotide microarray technology and allows determination most prevalent in Russia genotypes of M. tuberculosis and genomic mutations responsible for drug resistance to the main medications used for treatment of TB: rifampicin, isoniazid, ethambutol, fluoroquinolones, aminoglycosides, and capreomycin. As a result, drug resistance profiles and genotypes were identified for all samples. The test results were highly related to results of conventional microbiological tests. The TB-TEST could be used as a preferred laboratory method for diagnosis of TB.

Mycobacterium tuberculosisТБ-ТЕСТбиочиплекарственная устойчивостьгенотипированиеMycobacterium tuberculosisTB-TESTbiochipdrug resistancegenotypingReferencesБюллетень ВОЗ. Европейское региональное бюро ВОЗ; 2012: 90. http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/83803/1/9789244505113-rus.pdfБюллетень ВОЗ. Европейское региональное бюро ВОЗ; 2012: 90. http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/83803/1/9789244505113-rus.pdfCDC. Notice to readers: Revised Definition of extensively drug-resistant tuberc. Morbid. Mortal. Wkly Rep. 2006; 55 (43): 1176.CDC. Notice to readers: Revised Definition of extensively drug-resistant tuberc. Morbid. Mortal. Wkly Rep. 2006; 55 (43): 1176.Zignol M., Hosseini M. S., Wright A. et al. Global incidence of multidrug-resistant tuberculosis. Infect. Dis. 2006; 194: 479–485.Zignol M., Hosseini M. S., Wright A. et al. Global incidence of multidrug-resistant tuberculosis. Infect. Dis. 2006; 194: 479–485.Нарвская О.В., Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф. и др. Генетическое маркирование полирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России. Пробл. туб. 1999; 3: 39–41.Нарвская О.В., Мокроусов И.В., Оттен Т.Ф. и др. Генетическое маркирование полирезистентных штаммов Mycobacterium tuberculosis, выделенных на Северо-Западе России. Пробл. туб. 1999; 3: 39–41.Нарвская О.В. Геномный полиморфизм Mycobacterium tuberculosis и его роль в эпидемическом процессе: Автореф. дис. … д-ра мед. наук. СПб.; 2003.Нарвская О.В. Геномный полиморфизм Mycobacterium tuberculosis и его роль в эпидемическом процессе: Автореф. дис. … д-ра мед. наук. СПб.; 2003.Toungoussova O., Sandven P., Mariandyshev A. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia. J. Clin. Microbiol 2002; 40: 1930–1937.Toungoussova O., Sandven P., Mariandyshev A. et al. Spread of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains of the Beijing genotype in the Archangel Oblast, Russia. J. Clin. Microbiol 2002; 40: 1930–1937.Вишневский Б.И., Нарвская О.В., Васильева С.Н. и др. Вирулентность микобактерий туберкулеза. Пробл. туб. 2002; 10: 33–36.Вишневский Б.И., Нарвская О.В., Васильева С.Н. и др. Вирулентность микобактерий туберкулеза. Пробл. туб. 2002; 10: 33–36.Черноусова Л.Н., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г. и др. Биологические свойства штаммов M. tuberculosis кластера W. Пробл. туб. и бол. легких 2008; 10: 45–50.Черноусова Л.Н., Андреевская С.Н., Смирнова Т.Г. и др. Биологические свойства штаммов M. tuberculosis кластера W. Пробл. туб. и бол. легких 2008; 10: 45–50.Lopez B., Aguilar D., Orozco H. et al. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes. Clin. Exp. Immunol. 2003; 133: 37.Lopez B., Aguilar D., Orozco H. et al. A marked difference in pathogenesis and immune response induced by different Mycobacterium tuberculosis genotypes. Clin. Exp. Immunol. 2003; 133: 37.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in Russia: in Search of Informative Variable-Number Tandem-Repeat Loci. J Clin Microbiol 2008; 46: 3576–3584.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype in Russia: in Search of Informative Variable-Number Tandem-Repeat Loci. J Clin Microbiol 2008; 46: 3576–3584.Kruuner A., Hoffner S. E., Sillastu H. et al. Spread of drugresistant pulmonary tuberculosis in Estonia. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 3339–3345.Kruuner A., Hoffner S. E., Sillastu H. et al. Spread of drugresistant pulmonary tuberculosis in Estonia. J. Clin. Microbiol. 2001; 39: 3339–3345.Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V. et al. Gelbased microarrays in clinical diagnostics in Russia. Exp. Rev. Mol. Diagn. 2011; 11 (8): 839–853Gryadunov D., Dementieva E., Mikhailovich V. et al. Gelbased microarrays in clinical diagnostics in Russia. Exp. Rev. Mol. Diagn. 2011; 11 (8): 839–853Gryadunov D., Mikhailovich V., Lapa S. et al. Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Infect. 2005; 11: 531–539.Gryadunov D., Mikhailovich V., Lapa S. et al. Evaluation of hybridisation on oligonucleotide microarrays for analysis of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis. Clin. Microbiol. Infect. 2005; 11: 531–539.Zimenkov D.V., Antonova O.V., Kuz'min A.V. et al. Detection of second-line drug resistance in Mycobacterium tuberculosis using oligonucleotide microarrays. BMC Infect. Dis. 2013; 13: 240.Zimenkov D.V., Antonova O.V., Kuz'min A.V. et al. Detection of second-line drug resistance in Mycobacterium tuberculosis using oligonucleotide microarrays. BMC Infect. Dis. 2013; 13: 240.Mokrousov I., Otten T., Vyshnevskiy B. et al. Detection of embB306 mutations in ethambutol-susceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from northwestern Russia: implications for genotypic resistance testing. J. Clin. Microbiol. 2002; 40: 3810–3813.Mokrousov I., Otten T., Vyshnevskiy B. et al. Detection of embB306 mutations in ethambutol-susceptible clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis from northwestern Russia: implications for genotypic resistance testing. J. Clin. Microbiol. 2002; 40: 3810–3813.Hazbon M.H., Bobadilla del Valle M., Guerrero M.I. et al. Role of embB codon 306 mutations in Mycobacterium tuberculosis revisited: a novel association with broad drug resistance and IS6110 clustering rather than ethambutol resistance. Antimicrob. Agents Chemother. 2005; 49: 3794–3802.Hazbon M.H., Bobadilla del Valle M., Guerrero M.I. et al. Role of embB codon 306 mutations in Mycobacterium tuberculosis revisited: a novel association with broad drug resistance and IS6110 clustering rather than ethambutol resistance. Antimicrob. Agents Chemother. 2005; 49: 3794–3802.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.